《舰队Collection剧场版》动画于「舰队Collection」的活动中，宣布了动画「舰队Collection」将在2016年推出剧场版动画。蹂躏海洋的神秘敌人“深海栖舰”。她们是唯一可以用过往舰艇的灵魂，对抗这一威胁的“舰娘”们。作为舰女们的据点“镇守府”的存亡问题，两国展开的“MI作战”中，特型驱逐舰“暴风雪”的活跃也让舰女们取得了胜利，但是战斗结束后她们的战斗却日益激烈。以MI作战成功为契机，镇守府的战力也进入南方海域。攻略敌人住宅地，逐渐扩大战区。其中，将集结到新前线基地，准备下一次作战的舰娘们。虽然她们经历了战斗而成长，而且新的战力也不断增加，并不断取得成功而意志昂扬，但以海域为目标却发生了重大的异变。在那里等待着她们的是……。