基里特、尤吉欧、爱丽丝。 两名硕士和一名匹配骑士打败了最高司祭·阿多米尼斯教练，已经过去半年了。 爱丽丝结束了战斗，在故乡露里德村里生活。那个旁边，有一个失去了好友，自己也失去了手腕和心的桐树的身影。为他献身地支撑的爱丽丝，象以前一样地作为骑士的心没残留。“告诉我，桐谷……怎么办才好呢……”但是，向引诱全世界陷入悲剧的《最终负荷实验》的倒计时，却毫不留情地进行着。仿佛与之呼应一般，在《黑暗领域》的深处，黑暗神贝克特复活了。为了率领黑暗的军队，得到光之巫女，开始向人界进攻。指挥《人界》军队的整合骑士贝鲁库利等人，决心与《暗黑天地》军展开前所未有的大战争。但是在那一旁，还没有找到爱丽丝。并且，救了《人界》的英雄二人的身姿也——。《刀剑神域》系列中最长、最美丽的战斗篇，最终章终于开幕！