2262年，地球军上尉伊丽莎白·洛克利被任命指挥巴比伦5号。该空间站逐渐发展成为逃离灵能部队的叛变心灵感应者的庇护所，并由此引发冲突。前纳尔恩驻巴比伦5号大使格卡尔在纳尔恩-半人马座战争期间被监禁期间所著书籍出版后，不情愿地成为了精神偶像。德拉克人，曾经的暗影同盟，留在银河系中，通过一种名为守护者的寄生生物控制了半人马座主星上的摄政王维里尼，随后挑起半人马座与星际联盟之间的战争，旨在将半人马座与星际联盟隔离开来，为自己赢得一个可塑的家园。半人马座主星被纳尔恩和德拉克人的战舰摧毁，隆多·莫拉里成为皇帝，在星球彻底核毁灭的威胁下，接受了德拉克守护者。 （在整个系列中，各种预示着他统治终结的景象随处可见；它们展现了莫拉里和十六年后的前宿敌（后来成为朋友）G'Kar 似乎出于怨恨而互相残杀。逐渐揭示出一个更加友好的潜台词，莫拉里已经成为德拉克统治的奴隶，厌倦了生活；他的德拉克守护者醒来并勒死了 G'Kar 作为回报。莫拉里的忠诚且更有道德的助手维尔·库托继承了他的皇帝职位，摆脱了德拉克的影响。谢里丹和德莱恩结婚并搬到了明巴尔，以及星际联盟的总部。G'Kar 离开巴比伦 5 号，以逃避他不想要的名声，并探索边缘。加里波第也结婚并在火星定居。大多数其他主要角色都离开了巴比伦 5 号。十九年后，濒临死亡的谢里丹最后一次前往废弃的巴比伦5号空间站退役前。谢里丹似乎已死，但被先民们认领，并邀请他与他们一起踏上银河系边缘之外的旅程。谢里丹离开后不久，巴比伦5号空间站就被拆除，由于星联接管了其外交用途，它的存在已不再必要。在最后一集中，斯特拉辛斯基客串出演了一位在巴比伦5号空间站被拆除前关掉灯光的技术员。