本片描述了香港反黑组的组员惩治罪恶的英勇事迹以及他们个人感情经历的点点滴滴。人称“筋肉人”的反黑组探员阿喜（吴毅将 饰）立功无数、屡破奇案，但却因脾气倔犟，向来专横而和同事们诸多不顺。刚刚加入的康仔（陈浩民 饰）更是对阿喜诸多怨言，甚至想申请调组。后来一起办案多了，反黑组内部终于彼此了解，一团和气。反黑组内也有不少情事，一次上司阿凡（黎耀祥 饰）结识了卖鱼女阿娇，两人成了欢喜冤家；而阿弟（邵美琪 饰）更是一直暗恋阿喜，他们在工作上、感情上正经历着一次又一次的考验。
1943年秋天，东北被日本鬼子侵占了，东北抗联部队奉党中央之命参加抗日战争，二方为扩充各自的势力，都对着狼窝山上的土匪窝相互较着劲。而土匪头目许金贵带着宁做鸡头不当牛后的思想，最终在日本鬼子劝降不成而被日本军恼羞成怒地把狼窝山给毁灭了，使得从抗联部队前来的党代表赵彦、老李头也被当作“肉票”关进集中营。 关进集中营的日子，鬼子的残忍变本加厉。一个大风大雨之夜，由赵彦等人策划的越狱暴动开始了，冲出层层重围的赵彦、许金贵、“马脸”、金娃、龟田等人飞奔着越过中苏边境，刚刚逃出，却又被苏军部队瓦丽娅抓住，被投进苏军监狱。 不久苏联政府准备对日宣战，美国在日本的广岛、长崎投下了原子弹，日本无条件投降。赵彦终于和瓦丽娅在一起了。 但由于没有《侨民证》和《国民证》又得面对新的流亡。在贫病交加和生活极端的困境中，赵彦他们在辗转流亡了十来个年头，再也无力与死神抗衡，长眠于西伯利亚的土地上。许金贵在坚持下，回到了祖国的怀抱，当他再次来到当年逃过边境的那片洼地时，山野到处盛开着烂漫的山花，而山谷里却静得听不到一丝风声。
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夜晚的纽约，当地警方联手日本警察正在秘密追踪一起跨国毒品犯罪活动。作为纽约警方这次行动负责人的是日本籍刑警高仓奏（小栗旬 饰），与来自日本警视厅的刑警工藤丸尾（水岛宏 饰）共同合作，最终案件未能捕获组织头目，但在现场发现了一位失忆的日本女性松永由岐（吉高由里子 饰），奏认为由岐是案件的关键人物，因此将其带回日本保护起来。 不久，奏调职到日本警视厅，和丸尾组成搭档继续追查。二人性格南辕北辙，一个冷静严肃，一个油嘴滑舌，起初互相不满各自的行事风格。而被保护起来的由岐也烦闷不已，失忆的她偶有片段闪过大脑，但仍然回忆不起关键事情。奏极其关心案件进展除了警察的身份还有他同为警察的父亲的死与案件头目有关。而他所掌握的关于组织的事只有那个神秘的蜜蜂图章，究竟案件会走向何方，事情的真相又是什么……
