主人公野上良太郎（18岁）一眼看上去是到处都有的平凡男性。然而继续观察一下会发现是史上最倒霉没有运气的人了。依凭[桃塔罗斯]的鬼型异魔神，良太郎变身为有四种形态变换的假面骑士电王！追击来自未来的侵略者 与异魔神作战的假面骑士欧兹遇到了乘坐时间列车电王号来到现代的新电王。异魔神逃往了1971年11月11日，幸太郎和泰迪追了过去，映司和安库也一同上了列车。在过去的时空里，幸太郎变身成新电王打倒了异魔神，然而谁都没有察觉到安库不小心弄丢了一枚细胞硬币。映司一行人回到了2011年4月1日，发现日本已经被邪恶集团修卡给统治了，而且修卡最强的改造人竟然是假面骑士1号和2号。原来历史会发生改变正是由于那枚丢失的硬币。修卡的科学家用核心硬币造出了修卡硬币，修卡硬币吸收了安库丢失的细胞硬币后，诞生出了强大的修卡贪欲 很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次 10岁的女生安娜与妈妈闹矛盾后离家出走，却被邪恶的修卡组织盯上。混乱的逃跑途中，她无意间登上了时间列车电王号，又与桃塔罗斯一起掉落到了过去。为了拯救帮助她的朋友——蜜瓜，安娜与桃塔罗斯联手，变身成了电王！ 警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行 反塔罗斯军团袭击了银行，还偷走了电王的巴士，妄图统治全世界。为了打到恶徒，“电轨署”成立了，桃塔罗斯等人干劲十足地开始了调查。警视厅派来了铃木刑事负责此案，铃木是个很胆小的警察，让良太郎他们哭笑不得，但又不得不协助他的工作。一行人成功潜入反塔罗斯军团的秘密基地，不料中了机关，被困陷阱。侑斗侥幸逃了出来。而此时，反塔罗斯军团已经向国会议事堂发起了进攻。为了阻止他们，良太郎重披战袍。电王VS反电王，前所未有的壮阔大战拉开了帷幕…… 并不平静的一天，变身为假面骑士OOO的火野映司（渡部秀 饰）协同伙伴Ankh（三浦凉介 饰）与修卡战斗。谁知关键时刻，战局突然发生意外，一列时空列车DenLiner不期而至出现在二人面前。他们见到了可以变身为假面骑士电王的幸太郎（樱田通 饰），为此大为惊讶。二人趁乱登上列车，然而列车长严厉禁止他们下车，以免扰乱历史走向。列车回到了1971年，假面骑士电王与异魔神展开输死决斗，而就在此时，Ankh偷偷留出车厢寻找硬币，最后被映司等人抓了回来。当他们重返自己所处的时代，发现整个世界已经天翻地覆，修卡前所未有壮 本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”代替）和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪Den-Liner之旅。另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车Gao-Liner 2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。なんとその正体は、誘拐された電王・良太郎だった。モモタロスや新たに電王となった幸太郎らは、良太郎の言葉を手がかりにデンライナーで300年前へと向かう。新電王・幸太郎を演じるのは「アクエリアンエイジ 劇場版」の桜田通。 
