2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，记者城户真司为了调查此事，便到其中一个受害者榊原耕一的家中调查，期间他发现了一个咭盒，後来真司意外地藉咭盒的力量变成为幪面超人龙骑，并认识了另一Rider秋山莲 本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义... 故事讲述未来30年后，仿真智能人在人类社会被广泛应用。人类为了自身安全，建立了东西方智能岛。一支由智能姬组成的神秘战队，为了维护人类安全和世界和平，一次次地打击异变智能人的犯罪行为和恐怖袭击。 故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学 天煞入侵了和平世界，两派战士维护着世界和平，人类习惯了这样的生活。神秘的少女莫提斯的到来打破了主人公诺伊的平静生活，开始走上了消灭天煞的正义之路，然而在一次战斗中诺伊发现了一个有关世界的巨大谎言…… 故事的主人公黑铁一辉虽有着成为能将灵魂转化为魔剑的“魔导骑士”的目标，但由于自身没有魔法方面的才能而被他人戏称为“落第骑士”。不过，在与来自异国的公主——有名且最强的“A级骑士”史黛菈・法米利昂相遇后 遥远的恐龙时代，被称为星际病害随着陨石到地球。就连恐龙也被他们消灭。但是有一群幸存下来经由神圣之力而进化的恐龙在历经奋战后，将邪恶首脑冰冻封印拯救地球。之后它们就与贤神托林以及认同的勇者继续守护世界。 
