寇克（威廉·夏特纳 饰）上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他的好友斯波克（伦纳德·尼莫伊 饰）船长无故身亡，而麦科伊（德福雷斯特·凯利 饰）医生亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克向寇克透露了一个惊人的消息，原来麦科伊正窝藏斯波克的驱壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此下定决心要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星的封锁区，跟敌军展开殊死之战！ 一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让史波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的赏金号从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任... 
