故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们 星期四 更1魔王被杀死之后的世界。然而还残留着拥有杀死魔王之力的修罗们。                   故事讲述平凡的大学生雨宫夕日，某日一只会说话的蜥蜴宣告他被选为拯救世界的骑士。正当夕日对此半信半疑时受到敌人的袭击，并被他应守护的公主朝日奈五月雨拯救，没想到公主却是企图征服世界的魔王。夕日受到五月雨 居住在踯躅台的高中1年级学生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent Gridman”相遇了。Gridman告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日子被突然现身的怪兽轻易地踏碎…… 西岚为了改写魔界那场大战的结局踏上时空之旅，与一心寻找“鬼手”真相的鬼剑士天才结成盟友，共同历经了悲鸣洞穴，暗黑圣战以及天界革命等刻骨铭心的冒险旅程，最终呈现在他们眼前的，究竟是渴求已久的希望，还是更加严峻的挑战？能够改写未来的关键之人，究竟是谁？ 在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。 羽翼年代记第二季故事讲述玖楼国的公主小樱拥有跨越时空的能力，和她在一起的小狼则是一个继承父亲遗志的考古家。英俊的小狼充满正义，勇敢刚强。把小樱视为生命里最重要的人。他们遭到不明身份的野心家狙击。小樱因此失去了全部记忆，而且伤重昏迷。小狼为了寻找小樱的“记忆之羽”而穿梭在不同的时空。和另外两个目的不同的旅伴--黑钢及法依一起踏上了奇异的魔法之旅！ 
