东汉末年，天下大乱、群雄纷争，魏、蜀、吴三国相继倔起，成鼎足之势，演出了一幕分久必合、合久必分的历史长剧。诸侯混战的结局形成了三股强大的势力：北方的曹操“挟天子以令诸侯”，先后歼灭袁绍、袁术等势力，统一了黄河流域，占据了中原地带；刘备三顾茅庐，得诸葛亮出山辅佐，又有关羽、张飞这样猛将追随，最后，经过“赤壁之战”，迫使曹操北还，得以占据益州与荆州等地，逐步发展壮大；江东孙氏自孙坚开始，就以江东六郡81州为根据地站稳了脚跟，直至孙权，实力日益增强。
第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
现实中一切极端的梦境，都凝聚着可怕的能量。唯有将这些梦境送入异次元世界——梦界化消，才能避免这些能量对现实世界造成扭曲动荡。个性跳脱的任小冲，因巧合被来自梦界的渡梦使选中，成为笛见塔的化梦武士，展开了奇异的化梦之旅。在他与同伴武伽矛盾加剧的同时，另一座墨决塔悄悄展开了对笛见塔的侵略阴谋，并牵扯出梦界沉睡已久的秘密传说……
