来自HAPPY星的外星人章鱼哔,目的是在地球散播 HAPPY 。然而出师不利,一来到地球他就差点饿死,此时救了他一命的是平凡的少女小静。然而章鱼哔发现,小静却始终没有笑容。为了让小静找回遗失的笑容,章鱼哔努力奔走,然而小静所处的环境却是远超乎章鱼哔所能想象的严苛,在这样的情况下,章鱼哔究竟犯下了什么样的大罪……?
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。