二十年前,世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”,从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人,被称之为“灵武者”。与这其中,“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少,成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大,从小立志成为最顶级的灵武者,十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能,成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。