韦小宝（梁朝伟）为人刁钻聪敏，因义气帮助天地会人打退清兵后，他于稀里胡涂中接受天地会命令进宫“成了”太监。结识少年皇帝康熙（刘德华）时，不识对方身份的韦小宝与之不打不相交结成莫逆之友，并因在得知其身份后协助他铲除奸臣成为宫中红人。 韦小宝无意知晓太后是神龙教人所假扮，目的是盗取藏有清朝秘密的四十二章经后，上报康熙，在他的帮助下，康熙救出被囚禁长达十多年的太后，其后韦小宝巧设妙计令顺治与康熙父子团聚，又挑拨神龙教人自相残杀，令康熙对他更加器重，然而他天地会人的身份终没瞒过康熙双眼。此外，周旋于先后爱上的建宁、双儿等七个女人之间，也令韦小宝觉得日子没那么好混。
1945年春，东北战场上，日军节节败退，日军决定将代号为“竹风”的虎林要塞布防图交虎林守军,但在运送途中遇游击队伏击，“竹风”丢失。为找回“竹风”，负责押送密件的日军第四宪兵团所属“南木部队”，组建“特搜队”针对游击队展开搜捕，妄图找回日军机密文件。我党组织授命关林和山鹰组建特战队，同时寻找“竹风”的下落。唯一知道“竹风”下落的特战队女战士孟虹作为找到“竹风”的关键突破口，成为各方势力争夺的对象。日军派出奸细打入特战队内部并绑架了孟虹的儿子，想通过要挟的方式换取“竹风”。特战队在与敌斗争的过程中，通过孟虹回忆起的线索，终于搜寻到“竹风”的踪迹，并将“竹风”交给了组织，成功捣毁了日军的计划。
