《末日孤舰》第二季从治愈病毒和拯救人类的目标开始。海军上尉汤姆·钱德勒和他的船员们一起返回美国，并试图寻找幸存者和他们家人的下落。然而，他们才刚回到美国，就遭到了在艾米·格兰德森的领导下建立的世界新秩序形式的反对。更糟糕的是，他们还面临着一个危险的新敌人，这个敌人正在争夺控制权一心想要接管世界。