阳光明媚的青青大草原，喜羊羊（祖晴 配音）期待已久的日子到来了。他的爸爸妈妈预计这一天返回羊村，于是他找来小伙伴们帮忙打扫房间。就在此时，一艘小型飞艇带着火光坠落大草原，众人匆匆忙忙跑了过去，却发现飞艇里跳出一个可爱的小羊。小羊名叫冰冰羊，她父母的飞船遭到破坏，危急关头她被爸爸妈妈送到地球寻找哥哥。与此同时，正在捕猎的灰太狼受到另一个外星来客的袭击并遭到附体。原来智羊羊和丽羊羊冷藏了一个叫“细菌大王”的外星大坏蛋，却不小心被冰冰羊释放了出来。 他们的出现，将给青青草原带来新的危机和冒险……
在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
