ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
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日本各地被投下了10枚导弹，然而却出现了没有一人牺牲的局面，人们称此次事件为“愚蠢的星期一”，并很快地被人们所淡忘。事件过后3个月前往美国进行毕业旅行的森美咲，在白宫前被卷入冲突事件，被一个日本人救下。那人名叫滝泽朗，他失去记忆，一丝不挂，手里握着手枪和被冲入82亿日元的电子货币的手机……。龙泽朗是什么人？谜一般的手机的实体是什么？龙泽朗失去的记忆又是什么？
