第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵,战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄,每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中,伙伴们接连倒下,而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而,原本只是一个普通村民的凯,不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中,一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。