女王曼多拉统治着叶罗丽仙境,因为人类大肆的破坏自然环境,使其严重影响到了仙境的存亡与仙子的安危。曼多拉仙子认为人类都是自私自利爱破坏,不相信人类会自觉变好保护环境,所以想统治人类世界,将人类变成她的奴隶,重新治理被人类严重破坏的掉的自然环境。而辛灵仙子则认为人类会自己觉悟拯救环境,所以带领着勇敢的叶罗丽战士,与曼多拉仙子作斗争。
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。