在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
小有名气的漫画家小岛麻子（宫泽理惠 饰）殚精竭虑，终于在期限内完成了最新的连载。当她从昏睡中醒来时，却发现最爱的猫咪早已停止了呼吸。这一事件让漫画家颇受打击，她不吃不喝，恍惚憔悴，这可急坏了多年来合作默契的责任编辑大森（长冢圭史 饰）。大森好说歹说，带着小岛来到井之头公园散步，结果在那里小岛意外邂逅了一名流浪汉及其带着的一只幼猫。幼猫身体羸弱，感染病症，最终小岛带着小猫治好了身体，而流浪汉也将这个小生命托付给了爱猫的漫画家。取名“咕咕”的小家伙来到小岛的家中，温暖的故事悠然展开…… 本片根据大岛弓子的同名漫画改编，此前曾被改编成电影搬上银幕。
20XX年，为了应对日趋恶化的少年犯罪现状，日本对少年法予以修订，新法规出台并允许民间企业经营少年监狱。其中有一间收容所对囚犯没有任何的限定，它被人称作“HOPE监狱”，更凭借“马路须加监狱”的名号广为人知。某天，美丽而叛逆的少女Paru（岛崎遥香 饰）因杀人罪被关入这里，并结识了依靠门路从外界带东西的Peace（木崎由里亚 饰）。适值此时，马路须加内专横跋扈的恶女（大场美奈 饰）所率领的毒蛇组和冷酷女子杏仁（入山杏奈 饰）统治的猫鼬队抗争不断，Paru的到来无疑打破了长久以来的平衡。 她率先与毒蛇组发生抗争，而接下来连绵不绝的恶战将充斥着马路须加监狱的每一个角落……
