故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
自风都塔建立30年以来,风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天,这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头,对周遭进行大肆破坏。左翔太郎(桐山漣 饰)和飞利浦(菅田将暉 饰)合体变身为假面骑士W,风都警署警官照井龙(木ノ本嶺浩 饰)则化身假面骑士阿克塞尔,与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂(杉本彩 饰)的协助下,正义战士们击退了入侵者,却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知,国际重犯大道克己(松岡充 饰)及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体,他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……