2069年,清洁能源革命完成,月球成为解决地球能源危机的理想之地。一艘国际能源集团的月球运输船被偷袭,所运载的新型核能材料He-3被曾经叛逃能源集团的科学狂人KSTAN劫持,KSTAN妄图用He-3配合氢同位素完成他的机甲核心来摧毁能源集团。于是此时已经流入黑市的氢同位素混合器,成为了国际能源集团(科技商业组织)、东亚安全联合部(政府部门)和以KSTAN为首的黑色黎明组织(恐怖组织)三方势力的共同目标,一场围绕氢同位素的混战即将打响······
不再风光的江湖老大石三郎,重遇多年没见的儿子后,意外地东山再起。事业与亲情逐渐回来之际,揭发一个埋藏已久的秘密。面对困局,三郎决定做一次真正的父亲,成就新的拼命三郎。