在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
十二年前，大澳一对青年男女风与妹私奔失败，妹只身迁往香港，从此二人一水隔天涯。十二年后妹为找寻昔日宁静的乡土，由香港迁回大澳居住，更与旧恋人风重拾旧欢。但不同的生活痕迹，使他们的感情受到考验。对从大陆逃港的青年坤﹝刘青云饰﹞来说，香港祇是其踏脚石。为了前往巴拉圭，他冒着被警方追缉和被黑社会追杀的危险，潜逃香港，并匿藏大澳。究竟他能否如愿以偿？风与妹感情又能否携手终老
一年前，北方小城晨苍发生了一起仇杀案，凶手秦虹潜逃；一年后，警方在南方“发现”秦虹时，秦虹已被男友马伟成抛尸大海，尸骨无存。这是一起人证、物证俱全，凶手甚至已经交代犯罪事实的案件，但消失无踪的尸体让主管刑警刘望惴惴不安，不经疑问“秦虹真的死了吗？”
21世纪特种部队人员项少龙（古天乐 饰）决意要参加穿梭时空的研究，是为了要挽回自己的爱情。但由于时光机的数据出错，把少龙带到了战国时期。 当时的嬴政（林峰 饰）还没有登上帝位，更被囚禁于赵国。少龙为了能返回未来，便不惜一切帮助嬴政顺利登上帝位。由于少龙的机智过人与特殊身份，他的能力得到了众人的赏识，因此他也遭到了多方奸狡之人的暗算。 在腹背受敌的情况下，生性风流的少龙也纠缠上一段复杂的四角恋爱关系。到底少龙能否协助嬴政赢得天下呢？他会如何处理自己与隔世恋人的情缘呢？
