故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
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黑子的篮球总篇集动画片全集是改编由藤卷忠俊创作的漫画作品，本次的总集篇将分为三个部分，其中第一弹“Winter Cup总集篇~影与光~”将从今年9月3日起开始上映，第二弹“Winter Cup总集篇~朝着泪水的前方~”从10月8日起开始上映，而第三弹“Winter Cup总集篇~大门的另一边~”从12月3日起上映。故事讲述了曾经在初中时期被誉为“奇迹的世代·幻影第六人”的黑子哲也升入高中之后，跟从美国归来的火神大我等人一起参加高中联赛，同自己初中时代队友们进行较量的故事。
