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常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行されたドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、自身と愛する妹の純潔を守るべく、反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」

　　TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。
　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。