第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
斗罗最终战的二十年前，武魂殿曾阴谋一统整个魂师界，吞并所有宗门，七宝琉璃宗首当其冲，陷入危难，骨斗罗带着宗门少主—五岁的宁荣荣请剑斗罗出山相救，于是剑斗罗尘心带上小荣荣踏上了一条生死逃亡路，然而他们所不知的是，这条路的背后竟是一场将会影响斗罗大陆的巨大阴谋……
