高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活,但是,他却能看到妖怪,并因此而苦恼。很多次,他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会,夏目巧遇猫神。猫神告诉他,夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字,玲子死后,妖怪为夺回名字,才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们,夏目才能恢复宁静的生活。 为了回到宁静的生活,夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅,一段段关于妖怪的感人故事,就这样被引出。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。