Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
性格内向的小学四年级男生阳向，默默喜欢着班上的人气女孩时雨。两人拥有着共同的爱好——喂养学校的小鸟。在一次偶然中，阳向和时雨开始有了接触，两人渐渐拉近了彼此间的距离。对未来发展充满希望的阳向在心中描绘着与时雨共处的美妙情景，然而天有不测风云，不久后对方要转校的消息传来，悲伤的阳向变得无精打采，却迟迟无法开口倾诉自己的感情。到了时雨即将离开的这一天，阳向终于打破了心中鸟笼的桎梏，下定决心奔跑起来。“我想说的是——我喜欢你，时雨同学！”阳光中的青时雨，与心中幻想的那只天鹅一同飞翔的阳向，能否将自己的心意传达给时雨呢？
