故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
莫妮卡有個正值青春期的女兒卡拉，但一天早上卡拉卻因一場奇怪的事件而失蹤，幾個小時後被人發現時已意識不清，醫生更宣告她剩下的時間不多。莫妮卡無法接受自己的女兒已無藥可救，在極度絕望之下，參與了一場暗黑儀式，並跟一名神秘的男人訂下契約，以挽救卡拉的性命。隔天卡拉突然恢復活力，連醫生也無法解釋原因，但莫妮卡的夢魘才正要開始。
