《新大头儿子和小头爸爸》在美术设计、情节把控、视觉效果、语言节奏等方面均比老版有了全新的提升，并邀请央视著名主持人董浩、鞠萍、刘纯燕加盟配音，月亮姐姐演唱主题歌。在主题诠释方面，新版不仅延续了老版对亲情观和父子情的体现，更进一步强化了“绿色、健康、轻松的动画片”和“陪伴型共同成长”的理念，向社会、家庭传达了热爱生活、家庭和谐的强大正能量。
故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司配音）和阿卡丽（原优子配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。战后经济十分萧条，而托鲁又是一副得过且过大大咧咧的懒惰性格，虽然阿卡丽一直在艰难的维持家中的生计，但生活却并没有什么改善。终于，断粮的危机降临了，无奈之下，托鲁进入了森林想要找点吃的，然而，在那里，等待着他的却是一位名为嘉依卡（安济知佳配音）的神秘银发少女，在他们相遇的那一刻，命运的齿轮开始了它的运转。
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