"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
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这部影片大胆重塑了蝙蝠侠的传奇故事，背景设定在阿兹特克帝国。一位年轻的阿兹特克男孩在父亲被西班牙征服者杀害后逃往特诺奇蒂特兰。他在蝙蝠神 Tzinacan 的神庙中训练，并研制武器为父复仇。一路上，他遇到了一些为人熟知的人物，比如美洲豹女侠和征服者埃尔南·科尔特斯。
