"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
【STORY】被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。【STAFF】原案：坂口安吾「明治开化 安吾捕物帖」监督：水岛精二故事・脚本：会川升角色设定：pako、高河弓动画角色设定・总作画监督：稻留和美、矢崎优子、矢口博子美术设定：宫本崇、胁威志制作设定：宫本崇、石垣纯哉、柳濑敬之美术监督：胁威志色彩设计：中山志穂子撮影监督：佐佐木康太音响监督：三间雅文音乐：NARASAKI动画制作：BONES制作：「UN-GO」制作委员会【CAST】结城新十郎：胜地凉因果：丰崎...
