"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
在乐阳和小灵兽还有朋友们相识多年后的未来，因不满科技发展导致的严重污染，有人利用高科技小灵兽搞破坏。真诚正直的小璘为了保护小灵兽们来到乐阳的时空，但掠夺者也一起来了。了解到小璘对未来世界美好环境的向往，乐阳怀着对伙伴的关切之心，联手小璘还有朋友们一起守护小灵兽，阻止掠夺者破坏环境。乐阳和朋友们凭着热诚的心，与小灵兽为伴，一起终结环境危机。
人类对大自然的过渡开采导致地球的生态被完全的破坏了，北极熊因此而灭绝，彼时，整个地球上只剩下最后一只北极熊了，它被善良的人类女孩杰西卡（徐佳琪 配音）收养，取名为贝肯（汤水雨 配音）。杰西卡是一名在安全部工作的优秀特工，同时也是贝肯的偶像，贝肯希望自己有朝一日也能够变成和杰西卡一样厉害的特工，但生来笨手笨脚的他常常惹出一堆的麻烦，最终，他只能去安全部的清洁部门报道。 一天，一个神秘的北极熊组织出现在了人类的视野之中，他们声称要报复人类，在世界各地设置了危险的炸弹。安全部派出的特工们全部都被北极熊基地的人类探测仪发现了，为了根除这个恐怖组织，安全部最终决定启用贝肯这名秘密成员。
