午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
美丽女孩樱井美咲是一名在东京生活的糕点师，她全身心地扑在事业上，以致于都忽略了爱情。怎奈她所在的面包店突发变故，美咲被迫走上求职之路，结果碰了一路的钉子。偶然机缘，她重逢曾经喜欢过的男孩柴崎千秋（三浦翔平 饰）。千秋吃过美咲的蛋糕后大为赞赏，于是邀请她去自家开设的餐厅打工。千秋的餐厅地处湘南，家里还有担任主厨的弟弟夏向（山崎贤人 饰）以及正在上学的弟弟冬真（野村周平 饰）。与和善的千秋对比鲜明的是，夏向冷酷别扭，甚至有些不太欢迎美咲的到来。 在炎炎的夏日海边，一个女孩和三个男孩的故事悠然上演……
沈青如（许晓诺 饰）家族惨遭灭门，误以为是宇文阙（郭星冶 饰）所为，展开复仇。她嫁入将军府，被囚禁于宫中，与宇文阙在爱恨纠葛中互相折磨。最终真相大白，宇文阙为保护她牺牲，两人和解，沈青如认祖归宗为沧州公主，在权力斗争中获得救赎。
