故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突,因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯(Titans)结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段,反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干,港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年(U.C. 0087),前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗,中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场,与奥干、泰坦斯角力周周旋,展开激战。
秦牧天生凡体,历经考验成为天魔教教主,被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神,掀起浩荡风云,后随武可汗入楼兰黄金宫,一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮,后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助,开启道法神通改革的大世。
在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。