故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突,因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯(Titans)结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段,反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干,港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年(U.C. 0087),前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗,中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场,与奥干、泰坦斯角力周周旋,展开激战。
沧元界妖邪作乱,人族饱受摧残,主角孟川自小立下为母复仇的誓言,以镜湖道院为起点,凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手,惩处奸恶,溃灭妖族,登顶四大道院,名满东宁府,拜上元初山,成就一代神魔。
以《最终负荷实验》为名,将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派, 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时,《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录,企图一举歼灭《人界》军。 相对地,亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜, 和《人界》军一同与美国玩家展开死战, 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃,则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后,获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法,也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们, 将千锤百炼的角色进行转移,加入《人界》军一方参战! 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能,甚至人类未来的战斗。 而大战的终点,如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇,在此完结!
21世纪,地球回复昔日的和平,但此时宇宙坠下一颗陨石,陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时,时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现,GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔,但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护,但三个巨像已被破坏剩一个,队员·大伍的战机也被击中,且逃生装置失灵。在危急关头,大伍突然化成光,和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活,并与两大怪兽展开了战斗……