"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
一个普通的森林夜晚，对小熊大、小熊二宠爱有加的熊妈妈，在一场大火后离开了他们，两熊伤心不已……转眼多年过去，光头强带熊大熊二前往振兴岛参观机器人研究所，却意外得到了熊妈妈的线索，为此熊大、熊二一路探寻……熊妈当年为何不告而别？两熊最终是否能找到妈妈？迷雾重重的背后还有怎样的故事？一切谜团等待揭晓。
