本剧是1987~1992年香港亚洲电视公司根据正史与民间野史编写的剧集,动员了亚洲电视台的大部份艺员参与拍摄。该剧不但在香港造成了收视热潮,也在香港以外的地区受到相当程度的欢迎。剧名《满清十三皇朝》,源自民国八年(1919年)由“燕北老人”所著《满清十三皇朝秘史》。二者描写的俱为努尔哈赤建立的后金国与清朝共十二位皇帝。(包含十一代,同治帝和光绪帝为堂兄弟)。燕北老人因为皇太极(清太宗)将国号由“金”改“清”,年号亦由天聪改为崇德,算两个皇朝。故称之为“满清十三皇朝”。
一年前,北方小城晨苍发生了一起仇杀案,凶手秦虹潜逃;一年后,警方在南方“发现”秦虹时,秦虹已被男友马伟成抛尸大海,尸骨无存。这是一起人证、物证俱全,凶手甚至已经交代犯罪事实的案件,但消失无踪的尸体让主管刑警刘望惴惴不安,不经疑问“秦虹真的死了吗?”
1949年8月,本来要在福州迎接解放的吴石,突然被蒋介石任命为国民政府国防部次长。为了获得更多情报,吴石按照党组织的指示毅然前往台湾就职,利用工作便利陆续向中共华东局提供了有关金门岛兵力变化、西南战役国军调动等重要情报。原本要回上海的朱枫在得知吴石原来的交通员牺牲、组织上需要派新的交通员去台湾时,也毅然放弃了阖家团圆的机会,只身去了台湾。吴石、朱枫密切合作,送出了多份重要情报。1950年2月,由于叛徒出卖,吴石、朱枫、陈宝仓和聂曦等人不幸被捕,牺牲在台北西马场町,但他们送出的舟山兵力部署图帮助解放军顺利解放舟山群岛,为全国解放事业作出了贡献。