"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
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拥有卓越按摩技术的主人公·小手指向阳。立志成为运动医生的小手指，为了获得医学部特待生资格，从今年春天开始就读于体育强校·星和大附属高中。由于家境贫寒，小手指为了赚取学费，决定住在宿舍并工作。然而，在那里他遇到的是一群个性十足的 JK 运动员。小手指的工作是管理宿舍和照顾她们的身心健康。社团活动 JK×按摩！H 又激烈的宿舍生活就此拉开帷！
