"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
不久的未来，人类的世界早已拥挤不堪，迈向星河、寻找新家园的行动迫在眉捷。正当一切有条不紊的推进之时，月相异动，脚下的大地爆发了长达数十年、剧烈的地质变化，人类在这场浩劫中所剩无几。当天地逐渐恢复平静，人们从废墟和深渊中重新踏上了这片熟悉而又陌生的大地。习惯了主宰一切的我们是否还是这个世界的主人？
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行されたドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、自身と愛する妹の純潔を守るべく、反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
